Merkez Sağlık Kurulu, Maliye Bakanlığı Başhekiminin başkanlığında, Sağlık Bakanlığınca görevlendirilen iki uzman hekim ile Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığınca görevlendirilen bir uzman hekimden ve Gelir İdaresi Başkanlığının bir temsilcisinden oluşur. Merkez Sağlık Kurulu Gelir İdaresi Başkanlığı nezdinde görev yapmaktadır. Merkez Sağlık Kurulunun görevi engellilik indiriminden yararlanmak amacıyla hastanelerden alınan raporları inceleyip karar vermektir.
Merkez Sağlık Kurulunun çalışma şekli ve vergi indirimi için başvuracakların yapacağı işlemler bir Yönetmelik ile düzenlenmiştir. Merkez Sağlık Kurulu, ilgili mevzuat gereğince engellilik indirimi talebi ile gelen sağlık kurulu raporlarını;
- Yetkili hastane tarafından düzenlenmesi,
- İlgili yönetmelikte belirtilen bilgi ve şekle uygunluğu,
- Yönetmelik ile oluşturulan sayıda kurul üyesince onaylanıp onaylanmadığı,
- Rapordaki bilgi ve bulguların çalışma gücü kayıp oranı verilmesinde açık, kesin ve ayrıntılı olup olmadığı,
- Teşhis ve tanının ilgili yönetmelik eki cetvellerle uyumlu olup olmadığı,
- Çalışma gücü kayıp oranının yönetmelik eki cetvellere uygun olup olmadığı,
- Balthazard formülünün doğru uygulanıp uygulanmadığı,
- Raporun sürekli olup olmadığı hususunda konulan veya konulmayan, açıklamanın yönetmelik hükümlerine uyup uymadığı, hususlarında incelemekte olup, kesinlikle hastayı muayene etmemekte veya rapora yeni teşhis, bulgu veya tanı ilave etmemekte veyahut rapordan çıkarmamaktadır.
Bu açıklamalara göre; Merkez Sağlık Kurulu anılan Kanun ve Yönetmelikler ile tanınmış olan yasal yetki çerçevesinde ve mevzuata uygun olarak engellilerin vergi indiriminden yararlanıp yararlanamayacaklarına ilişkin değerlendirmeler yapmaktadır.
Merkez Sağlık Kurulu kararını verirken raporlarda yer alan laboratuvar bulgularını, klinik muayene bulgularını, engellilik bulgularını ve konulan tanıyı ilgili Yönetmelik ekindeki cetvellere göre inceler. Kurul, raporlarda yer alan bulgular ve tanı ile Yönetmelik eki cetvellerde belirlenen çalışma gücü kayıp oranları arasında çelişki görürse re’sen ve nihai olarak karar vermeye yetkilidir.
Ancak, kurul gerek görmesi halinde bu raporları bir daha incelenmek üzere raporu veren hastaneye iade edebilir veya başvuruda bulunanın başka bir yetkili sağlık kuruluşuna gönderilmesini isteyebilir. Merkez Sağlık Kurulunca kararların doğru verilebilmesi için, raporda belirtilen ve Yönetmeliğe uygun yazılması gereken laboratuvar, klinik muayene ve engellilik bulguları ile tanının açık ve anlaşılır olması gerekir. Kurul bu bilgileri yetersiz görmesi halinde ilgili hastaneden ek bilgi istemektedir. Öte yandan, başvuruda bulunan kişiler Merkez Sağlık Kuruluna birden fazla rapor ulaştırırlarsa ve bu raporların bulguları ve tanısı aynı ise Kurul bu raporları değerlendirmeye alarak kararını vermektedir. Ancak bu raporların bulguları ve tanısı farklı ise Kurul ilgiliyi bu raporların birleştirilmesi için hakem hastaneye sevk etmektedir. Yukarıda açıklanan düzenlemeler ile yetkili sağlık kuruluşlarından alınan raporlarda belirtilen çalışma gücü kayıp oranlarının, raporlarda belirtilen bulgulara ve tanıya göre doğru olup olmadığının üst kurul olarak görev yapan Merkez Sağlık Kurulunca incelenip kararlaştırılmak suretiyle tespit edilmesi ile Türkiye çapında aynı bulgular ve tanı için verilen çalışma gücü kayıp oranlarının farklı belirlenmemesi ve uygulamanın adaletli olması amaçlanmıştır.